См. внимательно условия ваших кредитных договоров, которыми определены права банка принимать или не принимать платежи частично, а также принимать платежи по одному договору при внесении или не внесении платежей по второму.
Если таких прав у банка нет, то пойдите и внесите деньги в кассу, а если кассир или кто-то иной не принимает их, то составьте акт (3 чел.) об отказе принять платеж и затем подайте жалобу на руководство вместе с копией акта.